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\u200b\u200b\u200b\u200b\u200bLes quelque 58 000 \u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s par la mission Tara Pacific parlent enfin ! Apr\u00e8s un travail colossal de s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique et d’analyses mol\u00e9culaires, impliquant plusieurs \u00e9quipes du CEA, la mission fournit une base de r\u00e9f\u00e9rence in\u00e9dite de la biodiversit\u00e9 du microbiome des r\u00e9cifs coralliens, encore largement sous-estim\u00e9e. Grande premi\u00e8re, elle propose \u00e9galement l’analyse combin\u00e9e de donn\u00e9es \u00ab omiques \u00bb et environnementales.\u200b\u200b
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\u200bAu cours de son voyage de 2016 \u00e0 2018, l’exp\u00e9dition Tara Pacific a parcouru plus de 100 000 km sur l’oc\u00e9an Pacifique. Parmi les objectifs : mettre en lumi\u00e8re une nouvelle facette de la biodiversit\u00e9 microbienne ; et comprendre les strat\u00e9gies d’acclimatation des r\u00e9cifs coralliens aux variations environnementales, notamment les liens complexes entre g\u00e9nomes, transcriptomes, m\u00e9tabolomes et fonctions \u00e9cosyst\u00e9miques. L’exp\u00e9dition a ainsi sond\u00e9 les \u00e9cosyst\u00e8mes coralliens de 32 \u00eeles ainsi que les eaux de surface de 249 sites, ce qui a permis de collecter pr\u00e8s de 58 000 \u00e9chantillons.<\/p>\n\n\n\n
\u00ab Le consortium a proc\u00e9d\u00e9 \u00e0 un travail colossal de traitement des \u00e9chantillons, de s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 tr\u00e8s haut d\u00e9bit des g\u00e9nomes, de bio-informatique puis d’analyses mol\u00e9culaires biologiques et \u00e9cologiques \u00bb, <\/em>indique Patrick Winckler, directeur du Genoscope (CEA-Jacob) qui, avec des coll\u00e8gues du LSCE (CEA-CNRS-UVSQ) et des autres partenaires de Tara Pacific, est co-auteur de huit premiers articles scientifiques publi\u00e9s dans Nature<\/em>. Des publications qui pr\u00e9sentent les principaux aspects de cette mission unique.<\/p>\n\n\n\n Un travail collectif et en <\/strong>open source<\/em><\/strong><\/p>\n\n\n\n A commencer par l’organisation m\u00eame de l’exp\u00e9rience, regroupant une centaine de chercheurs de nombreuses disciplines et nationalit\u00e9s, ainsi que la m\u00e9thodologie de l’\u00e9chantillonnage pour traiter leur immense volume.\u00ab Ces \u00e9chantillons comprennent 150 terabases de s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques, \u00e9quivalentes au s\u00e9quen\u00e7age de 50 000 g\u00e9nomes humains<\/em> \u00bb, illustre Quentin Carradec, du CEA-Jacob. Une attention particuli\u00e8re a \u00e9t\u00e9 apport\u00e9e au cadre de production des donn\u00e9es de Tara Pacific, avec un effort important et significatif pour les structurer et les g\u00e9rer. L’objectif premier \u00e9tant de les rendre \u00ab open source<\/em> \u00bb et accessible \u00e0 une communaut\u00e9 plus large. Car ces donn\u00e9es sont riches d’enseignements alors que l’\u00e9tendue des \u00e9cosyst\u00e8mes coralliens est encore inexplor\u00e9e \u00e0 l’\u00e9chelle oc\u00e9anique globale.<\/p>\n\n\n\n L<\/strong>e nombre de micro-organismes serait encore largement sous-estim\u00e9<\/strong><\/p>\n\n\n\n Les r\u00e9cifs coralliens font partie des \u00e9cosyst\u00e8mes les plus diversifi\u00e9s de la plan\u00e8te. Ils repr\u00e9sentent 5% des esp\u00e8ces d\u00e9j\u00e0 connues dans le monde et abritent 30% de la diversit\u00e9 marine. Tara Pacific s’est donc int\u00e9ress\u00e9e aux trois biomes que sont les coraux, les poissons et le plancton, en r\u00e9v\u00e9lant que ce dernier pr\u00e9sentait la plus grande diversit\u00e9 de bact\u00e9ries. Les millions de micro-organismes qui sont impliqu\u00e9s dans la productivit\u00e9, la biodiversit\u00e9 et la sant\u00e9 des r\u00e9cifs, ont \u00e9galement \u00e9t\u00e9 pass\u00e9s au crible. En conduisant diff\u00e9rentes analyses sur la pr\u00e9sence des communaut\u00e9s microbiennes dans les biomes, les chercheurs ont montr\u00e9 qu’elle \u00e9tait \u00e9quivalente \u00e0 l’ensemble de la biodiversit\u00e9 microbienne connue de la plan\u00e8te. Et cela alors m\u00eame que ces r\u00e9cifs coralliens ne repr\u00e9sentent que 0,2% de la surface des oc\u00e9ans. <\/p>\n\n\n\n Vuln\u00e9rabilit\u00e9 et r\u00e9silience de certains coraux face au r\u00e9chauffement de l’eau<\/strong><\/p>\n\n\n\n Autre facteur impliqu\u00e9 dans la biodiversit\u00e9 des r\u00e9cifs coralliens, leur environnement ! D’o\u00f9 leur fort d\u00e9clin d\u00fb au changement climatique, et dont la mortalit\u00e9 pourrait atteindre, selon le Giec, 70 \u00e0 90% dans le cas d’un r\u00e9chauffement de plus de 2\u00b0C. Cette pr\u00e9occupation est au c\u0153ur de Tara Pacific qui avait pr\u00e9vu sur chaque site le pr\u00e9l\u00e8vement de donn\u00e9es physico-chimiques de l’eau et des a\u00e9rosols, ainsi que le contexte environnemental obtenu \u00e0 partir de registres taxonomiques, climatologiques, mod\u00e8les biog\u00e9ochimiques et observations par satellite. Et c’est l\u00e0 la grande originalit\u00e9 et force de la mission que d’avoir su coupler ces donn\u00e9es \u00e0 celles des \u00ab omiques \u00bb. Les chercheurs ont notamment pu \u00e9tablir des corr\u00e9lations entre les changements de temp\u00e9rature de l’eau et la longueur des t\u00e9lom\u00e8res de l’ADN (marqueurs de sant\u00e9) de certains coraux ; tandis qu’ils d\u00e9couvraient chez d’autres des capacit\u00e9s de r\u00e9sistance \u00e0 la chaleur.<\/p>\n\n\n\n Et ce ne sont que de premiers r\u00e9sultats !<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" \u200b\u200b\u200b\u200b\u200bLes quelque 58 000 \u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s par la mission Tara Pacific parlent enfin ! Apr\u00e8s un travail colossal de s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique et d’analyses mol\u00e9culaires, impliquant plusieurs \u00e9quipes du CEA, la mission fournit une base de r\u00e9f\u00e9rence in\u00e9dite de la biodiversit\u00e9 du microbiome des r\u00e9cifs coralliens, encore largement sous-estim\u00e9e. 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